利玛窦主要贡献
西学东来
带着西学而来的利玛窦开展了晚明士大夫学习西学的风气。由明万历至清顺治年间，一共有一百五十余种的西方书籍翻译成中文。
利玛窦撰写的《天主实录》以及和徐光启等人翻译的欧几里得《几何原本》等书不仅带给中国许多先进的科学知识和哲学思想，而且许多中文词汇，例如点、线、面、平面、曲线、曲面、直角、钝角、锐角、垂线、平行线、对角线、三角形、四边形、多边形、圆、圆心、外切、几何、星期等等以及汉字“欧”等就是由他们创造并沿用至今。
利玛窦制作的世界地图《坤舆万国全图》是中国历史上第一个世界地图，在中国先后被十二次刻印。而且问世后不久，在江户时代前期也被介绍到了日本。该地图使得日本人传统的崇拜中国的“慕夏”观念因此发生根本性的变化。对日本地理学的发展，有着很重要的影响。北极、南极、地中海、日本海等词汇皆出于此地图。至今，日本仍称17世纪至18世纪的地图为利玛窦系地图。
传播天主教
利玛窦，成功地在北京觐见皇帝，而且在士大夫中建立良好声誉和关系，开启了日后其他传教士进入中国之门，而且也开创了日后200多年传教士在中国的活动方式：一方面用汉语传播基督教；另一方面用自然科学知识来博取中国人的好感。利玛窦对中国传统的习俗保持宽容的态度。他容许中国的教徒继续传统的祭天、祭祖敬孔。据他的了解，这些只属尊敬祖先的仪式；只要不掺入祈求、崇拜等迷信成分，本质上并没有违反天主教教义。利玛窦主张以“天主”称呼天主教的“神”；但他亦认为天主教的“神”早已存在于中国的思想，因为中国传统的“天”和“上帝”本质上与天主教所说的“唯一真神”没有分别。利玛窦本人更穿著中国士人服饰。利玛窦的传教策略和方式，一直为之后跟随他到中国的耶稣会传教士所遵从，称为“利玛窦规矩”。
上帝一词其实并不是专指基督教的“上帝”，也不是西方基督教的“上帝”一词之中文翻译，既不是形翻更不是音译，上帝一词乃是源于古老的华夏文明中的历史记载。史书中最早出现“上帝”一词的记载的书籍是《尚书》和《诗经》。明代利玛窦将天主教传至中国，为了便于传教，便将拉丁文“Deus”翻译成中文古已有之的“上帝”。
妥协教义
深知等级制中国社会运行规则的利玛窦，专心和有地位的人交往。为了避免教义中内容引起他们的不满，使基督教更加易于理解和投人所好，他把基督教演绎成一种类似于并能兼容儒教的伦理体系，删去了耶稣被钉死在十字架上，耶稣的童贞女之子身份，特别是“人人平等”等内容。利玛窦还尽量避免谈论基督教的神学。这种简化了的宗教版本，自然不能让罗马教廷满意，使他和教廷之间出现了麻烦。
传教影响
利玛窦等意大利传教士在中国取得了很大成就。明代末帝崇祯的皇后在清军入关时曾写信准备皈依天主教并请求教皇支援（此信尚保存在梵蒂冈）。清朝康熙仍然重用意大利传教士。但后来欧洲其他天主教各教会之间对中国传统祭祖敬孔习俗的争论以这些习俗对当时中国天主教的影响削弱了利玛窦等人本已取得的成功。康熙时代，西班牙传教士为了在菲律宾和中国排挤意大利传教士，向教皇申诉并取得教皇敕令，宣称利玛窦等人允许中国教徒崇拜祖先违背了天主教教义，并派特使到中国晋见皇帝，态度骄横，和康熙争辩。康熙认为“天下没有不忠不孝的神仙”，说这个特使“不可理喻”，下令囚禁到澳门，使其病死狱中。从此中国皇帝和罗马教廷关系急剧恶化，禁止了西班牙传教士在中国的活动，并进一步严格的实行了“闭关锁国”政策。而祭祖敬孔的禁令直到数百年后的1939年12月8日由教宗碧岳十二世（Pius XII，即庇护十二世）删除，这也侧面显示出了利玛窦对中国文化的了解。
传教策略
利玛窦采用的是“驱佛近儒”的手段进行传教，这种方法佛教也曾用过。利玛窦补的儒是孔孟时代及孔孟以前的中国文化中较原始的“儒家”思想，所谓“先儒”，实则策划通过“合儒-补儒-超儒”“阳辟佛而
阴贬儒”“贬佛毁道，援儒攻儒”的路线图超越儒家，取而代之，达到以夷变夏的目的。他甚至偷换儒家圣教中的“上帝”“圣经”的概念。因为有了佛教的前车之鉴，这引起了明朝士大夫的极度不满。崇祯年间的《刻辟邪集序》中说：“有利马窦、艾儒略等，托言从大西来，借儒术为名，攻释教为妄，自称为天主教，亦称天学。”利玛窦在《利先生复莲池大和尚竹窗天说四端》中声称：“佛者天主所生之人，天主视之，与蚁正等。”
利玛窦死后没多久，僧众联合儒士对天主教进行了激烈的批判。崇祯十二年（1639年）由徐昌治订正印行《圣朝破邪集》八卷（亦题《破邪集》或《皇明圣朝破邪集》），就是万历、崇祯年间佛教僧众（部分儒家士大夫）对于天主教的批判，其历时之久、规模之大、涉及问题之多、论辩之激烈、影响之深远，在中国文化史、学术史和宗教思想史上，都是罕见的，在迄今为止的人类思想文化史上，也蔚为大观。此外还有费隐通容 编《原道辟邪说》（1636） 和钟始声 编《辟邪集》（1643）。
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