瞿式耜主要著作
瞿式耜著有诗文十卷，1835年（道光十五年）有木刻本 《瞿忠宣公集》。1981年，上海古籍出版社增补校订出版改称《瞿式耜集》。
诗作
《绝命诗》
《咏梅赠王乌程方轮调官归里时以不阿乌程相致调》
瞿式耜在狱中曾赋诗，日与同敞相赓和，并把所赋的诗百余首题名《浩气吟》，在诗集前，瞿式耜自序说：庚寅十一月初五日，闻警诸将弃城而去，城亡与亡，余誓必死，别山张司马，自江东来城，与余同死，被刑不屈，累月幽囚，漫赋数章，以明厥志，别山从而和之。
瞿式耜的《浩气吟》载于《明季南略·卷十五》中的共有律诗七言八首。
《浩气吟》序曰：
《浩气吟·
其一》
《浩气吟·其二》
《浩气吟·其三》
《浩气吟·其四》
《浩气吟·其五》
《浩气吟·其六》
《浩气吟·其七》
《浩气吟·其八》
《归庄·其一》
《归庄·其二》
《归庄·其三》
《归庄·其四》
《归庄·其五》
《浩气吟》
疏文
《明季南略》还有瞿式耜的《临难遗表》一文，文中叙述式耜由十月初五至十四日被执不屈的概况。
罪臣瞿式耜谨奏。臣本书生，未知军旅，自永历元年，谬膺留守之寄，拮据四载，力尽心枯。无如将悍兵骄，动镇诸臣，惟以家室为念。言战言守，多属虚文，逼饷逼粮，刻无宁晷，臣望不能弹压，才不能驾驭，请督师而不应，求允放而不从。驯至今秋，灼知事不可为，呼吁益力，章凡数上，而朝廷漠然置之。近于十月十三日，集众会议，搜括悬赏，方谓即不能战，尚可以守。忽于十一月初五之辰，开国父赵印选，传到安塘报一纸，知严关诸塘尽已失去，当即飞催印选等星赴危急，而印选铸躇不前，臣窃讶之，讵意其精神全注老营，止办移营一着，午后遣人再侦之，则已丛室而行，城中竟为一空矣。
臣抚膺顿足曰：”朝廷以高爵饵此辈，百姓以膏血养此辈，今遂作如此散场乎?”至酉刻，督臣张同敞从江东遥讯城中光景，知城中已虚无人，止留守一人尚在，遂涸水过江，直入臣寓。臣告之曰：”城亡与亡，自丁亥三月已拼一死，吾今日得死所矣。子非留守，可以无死，盎去诸！”同敞毅然正色曰：”死则俱死，古人耻独为君子，君独不容我同殉乎?”即于是夜明灯正襟而坐，时臣之童仆散尽，止一老成，尚在身旁，夜雨涔涔，遥见城外火光烛天，满城中寂无声响，迨坐至鸡唱，有守门兵入告敞曰：”大清已围守各门矣。”天渐明，臣与同敞曰：吾二人死期近矣！辰刻，噪声始至靖江府前，再一刻，直至臣寓，臣与同敞危坐中堂，吃不为动，忽数骑持弓腰矣，突至臣前，执臣与同敞而去。
臣语之曰：”吾等坐待一夕矣：毋庸执！”遂与偕行。时大雨如注，臣与同敞从泥淖中踔跚数时，始至靖江府之后门。时大清定南王孔有德，已坐王府矣！靖江父子亦以守国未尝出城，业已移置别室，不加害。惟见甲仗如云，武士如林。少之，引见定南，臣等以必死之身不拜，定南亦不强，臣与同敌立而语曰：”城已陷矣！惟求速死。夫复何言。”定南霁色温慰曰：”吾在湖南，己知有留守在城中，吾至此，即知有两公不怕死而不去，吾断不杀忠臣，何必求死！甲申闯贼之变，大清国为先帝复仇，且葬祭成礼，固人人所当感激者，今人事如此，天意可知。”臣与同敞复定南．：”吾两人昨已办一死，其不死于兵未至之前，正以死于一室，诚不若死于大廷耳！”定南随遣人安置一所。臣不剃发，亦不强。只今大清兵已克千乐、阳朔等处，取梧祇旦晚间。臣涕下沾襟，仰天长号曰：”吾君逐至此极乎！”
当年拥戴一片初心，惟以国统绝维之关系乎一线，不揣力绵，妄举大事。四载以来，虽未竖有寸功，庶几保全尺土，岂知天意难窥，人谋舛错，岁复一岁，竟至于斯，即寸磔臣身，何足以蔽负君误国之罪？然累累诸勋躬受国恩，敌未临城，望风逃遁，大厦倾圮，固非一木所能丈也：臣酒泪握笔，具述初五至十四十日内情形，仰?圣听，心痛如割，血与泪俱。惟愿皇上，勿生短见，暂宽圣虑，保护宸躬，以全万姓之命，以留一丝之绪，至于臣等罪戾，自知青史难逃，窃计惟有坚求一死，以报皇上之隆恩，以尽臣子之职分，天地鬼神实鉴临之，临表不胜呜咽瞻仰之至。” 大学士临桂伯瞿公之殉难也祚明既作长律三十韵吊之已而得公与张别山司马临难唱和之作八首复次韵如其章数亦不尽同前诗之旨或不嫌言之重辞之复也。
其他
《愧林漫录》、《职方外纪小言》、《瞿忠宣公集》、《媿林漫录》。
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